Tarihsel geçmişi Paleolitik Çağlara kadar uzanan Van Gölü Havzasında Ahlat, Neolitik Çağ, Kalkolitik Çağ, Erken Tunç ve Orta Tunç çağlarında (MÖ 3200/3000-1500) yaşayan uygarlıkların önemli bir yerleşim yeri olmuştur.Ayrıca geçmişi MÖ 3200/3000 yıllarına kadar uzanan yörede Asur, Urartu, Pers, Makedonya Krallığı, Roma ve Bizans dönemlerine ait izlere de rastlanmaktadır. 
Ahlat, MÖ 1500' lerde Asur Devletinin bir uç beyliği iken MÖ 1274'de Asur Kralı I. Salmanassar'ın dönemindeki seferlerde büyük ölçüde tahribata uğramıştır.MÖ 1000 yıllarında Urartular bölgede Asurluların egemenliğini kırmış ve MÖ 900 yıllarında Ahlat'ı ele geçirmişlerdir. Ahlat ve çevresi Urartular'dan sonra MÖ 600 yıllarında Med, MÖ 550'de de Perslerin egemenliği altına girmiştir.MÖ 331 yılında ise, Büyük İskender bölgeye egemen olmuştur.Büyük İskender'in ölümü üzerine birçok savaşa sahne olan bölge MÖ 328'de Seleukos Krallığı’nın, MÖ 200'de Partlar’ın egemenliğinde kalırken; Roma egemenliği MÖ 600’lerden beri bölgede varlığını hissettirmiştir.
Alparslan 1070 yılında İslam'ın elinde ve  Selçukların tabietinde olan Ahlat'ı bir üs olarak seçip, Bizans Ordusu ile savaşmak için 1071 yılında Malazgirt'e Ahlat'tan hareket etmiştir.Malazgirt Savaşı'ndan sonra Ahlat yine Mervanoğullarına bırakılmışsa da, Melikşah Ahlat'ı önce Emir Sunduk ve Oğullarına, sonrada 493/1100 yılında Azerbaycan Meliki Kudbettin İsmail'in emirlerinden Sökmen’e vermiştir.Sökmen tarihte "Ermenşahlar" olarak anılan devletin kurucusuyken bu dönemde Ahlat'ta devletin merkezi olmuştur.Bu devlet Doğu Anadolu'da kurulan Selçuklu devletlerinin en kuvvetlilerinden biridir.Daha sonraki yıllarda Ermenşahlar Van gölü çevresindeki şehirleri Hoy ve Salmas'a kadar ele geçirerek Muş ve Sason bölgelerini de hakimiyetleri altına aldılar.Böylece Sökmen'in kurduğu devletin zayıflamasıyla Ahlat ve çevresi 1207 yılında Eyyubiler'in egemenliğine girdi.Eyyubilerden Melik Adil ve oğulları şehri Sökmenler gibi idare etmişler ve Ermenşahlar ünvanını korumuşlardır. 
1229 yılında Celaleddin Harzemşah'ın istilasına uğrayan Ahlat, bir harabeye dönüşmüştür. Harzemşahlar'ın Ahlat'ı işgali ile şehri perişan etmesi üzerine, Sultan Alaeddin Keykubat Yassı Çemen'de Harzem ile savaşmış ve şehir, Selçukluların bünyesine katılmıştır.Mağlup olan Harzemşahlar'ın kaçarken kendi adamları tarafından öldürülmesinden sonra (1230) kale ve şehir yeniden imar edilmiştir.  
Ahlat 1232 yılında bu defa Moğol ordusunun baskınına uğramış; 1244 yılında da İlhanlı Devletinin sınırları içine girmiştir.Şehir 1336 yılında Ebu Said Bahadır Han'ın ölümünden sonra Celayirler'in, yerli emirlerin ve Kürt Beylerin arasında el değiştirmiştir.Bir ara Timur tarafından zapt edilmiş; Çaldıran zaferinden sonra Osmanlı topraklarına uç şehir olarak katılmış ve yeniden imar edilmeye başlanarak bir kale içine alınmıştır.Gerek Moğollar ve gerekse Yerli Emir, Kadı ve Kürt beyleri arasında el değiştirirken de başkent olma özelliğini yetirmemiştir.Ermen şahlar ve Moğolların Ahlat'ta basılmış paralarının bulunması şehrin egemenliğinin en açık göstergesidir. 
Şehri 1046 yılında ziyaret eden Nasır-ı Hüsrev Ahlat'ta Arapça, Farsça ve Ermenice konuşulduğunu söyler.Zekerya Kazvini ise (Ö.1283), Ahlat'ta Türkçe, Farsça ve Ermenice'nin konuşulduğunu anlatır.Farsçanın yüksek tabakanın, Ermenice'nin ekalliyet dili olduğu, halkın da Türkçe konuştuğu kabul edilebilir.Evliya Çelebi'nin ise, Ahlâtlıların lehçelerinin biraz Moğolcaya, biraz Çağatayca'ya çaldığını söylemesi, Ahlat’lıların nereden geldiklerini göstermesi bakımından önem taşır. 
1275-76 yılında vuku bulan bir depremde 12.000 hane Ahlat’lının Kahire'ye göç etmesi nüfus kasveti hakkında fikir verir.Yine Ahlat'ta uzun süre çalışma yapan kazı başkanı Prof. Dr. Haluk Karamağaralı'nın tahminlerine göre şehrin uzunluğu 11 km, eni 4.5 km civarındadır.O sıralarda yaklaşık 300.000 nüfusu bulunuyordu. 
Doğu -batı arasındaki geçişi sağlayan önemli kavşaklardan biri olarak bilinen Ahlat, XIII. asırda Ortaçağ'ın çok önemli bir bilim, kültür, sanat ve ticaret merkezi haline gelmiştir. XIII. asırda Ahlat’ın, İslam dünyasının Belh (Afganistan) ve Buhara (Özbekistan) ile birlikte, Ortaçağda "Kubbet-ül İslam" unvanını taşıyan üç büyük ilim, kültür ve sanat merkezinden biri olduğu bilinmektedir.Bu büyük şehir, büyük bir kültür, ilim, sanat ve belki de esnaf teşkilatının merkezi idi. Ahlat'lı pek çok kadı, ilim ve kültür adamı ile sanatkârlarının adı ve eserleri bilinmektedir. 
XIII. yy'da başkent ve bölgedeki en büyük vilayetlerinden biri olan Ahlat, Osmanlılar Döneminde uç şehir olarak önemini sürdürmüştür.1877 / 78'de Bitlis'in vilayet yapılmasıyla Bitlis'e bağlanan Ahlat, 1929 yılında Van'a, 1936 yılında tekrar Bitlis'e bağlanmıştır. 
Anadolu da ilk Türk yerleşmesi Ahlat’ta olmuştur.Kayı Boyu’nun Anadolu’da ilk uğrak yeri, Ertuğrul Gazi’nin doğduğu, Türklüğün harman olduğu yerdir.Doğal güzellikleri ve tarihi dokusuyla Anadolu’nun en önemli yerleşim yerlerinden biri olan Ahlat; sahip olduğu doğal güzelliklerin yanı sıra halihazırda bünyesinde barındırdığı 13 Kümbet, 3 Türbe, 3 Hamam, 1 Zaviye, 1 Bezirhane, 2 Kale, 2 Çeşme, 4 Cami, 6 mezarlık 45 sivil konut, 4 Arkeolojik Sit Alanı, 10’larca akıt ve 100’lerce mağaralardan oluşan Korunması gerekli taşınmaz kültür varlıklarıyla adeta açık hava müzesi niteliğindedir.Türkmen çadırı tarzında, anıt mezar olarak yapılan Ahlat kümbetleri, kendinden önceki ile sonraki örnekleri arasında bir geçiş özelliği taşırlar.Geometrik şekiller, bitkisel motifler, rumi ve palmet, ejder başlıklar, mukarnas ve nişler ile tezyin edilmiş mezar taşları Orhun Abidelerinin İslamlaşmış şekli olup, bu geleneğin Anadolu da ki devamıdırlar. 
Ahlat, stratejik konumu ve sahip olduğu doğal güzellikleri nedeniyle tarihin her döneminde çeşitli uygarlıklara merkezlik yapmıştır. Şehir Bizanslılar döneminde “Khlat”, Ermeniler döneminde “Hlat”, Süryaniler döneminde “Khelath”, Araplar döneminde “Halat” veya “Hılat” İranlılar ve Türkler döneminde ise “Ahlat” olarak telaffuz edilmiştir. 
Bu isimlerin hemen hemen tamamının okunuşu (Khlat, Hlat veya Ahlat) aynı sesi vermektedir. 
Halat, Hılat veya Ahlat kelimelerinin köküne baktığımızda Arapça “H L T” fiilinden türetildiği ve bu kelimelerin Araplar tarafından karışık manasında kullanıldığı bilinmektedir.Karışık insan topluluğu manasına gelen; “Ahlatunminen-nas” sözü Araplar arasında yaygın olarak kullanılması bu tezi doğrulamaktadır. 
Ahlat adının etimolojik olarak “H L T” kökünden geldiği ve o zamanlarda Ahlat'ın da çeşitli milletlerden oluşan etnik yapısından ötürü bu adı aldığı söylenebilir.
Tarihin uzunca bir dönemi ile birlikte özellikle Türklerin Anadolu’yu yurt edinmelerindeki en önemli tarihi tanığı olan ve sinesinde o döneme ait izleri 1000 yıldır büyük bir özenle koruyan Ahlat, her ne hikmetse unutulmuşluğa terk edildikçe direnmiş, ”Ben burada Anadolu Türk Tarihinin en önemli tanığıyım.” mesajını tekrarlayıp durmuştur.
Cumhuriyet Dönemi’nde Ahlat tarihi ile ilgili ilk ciddi eserin yazarı olan Abdurrahim Şerif Beygu: “Hep tarihi olan bu milli mevcudiyet ve asarımızın bu kadar zengin hatırat ve menabiini sinesinde saklayan Anadolu’da diyebilirim ki pek az bir şehir Ahlat derecesine çıkabilir.” demektedir. Beygu yine aynı eserinde Türk Tarihi içinde hazineler değerinde olan bu asar ve mahkukatın şimdiye kadar Türk alemi irfanınca az tanınmış olmasına müteessir olmamak mümkün değildir.” diyerek Ahlat’ın tanıtılması konusunda bir tarihçi olarak kendi üzerine düşeni yapmış ve ‘Ahlat Kitabeleri’ adlı eseri ile yüzlerce yıl sonra Ahlat ile ilgili ilk eser bu şekilde Anadolu Türk tarihiyle ilgilenenlerin bilgisine sunulmuştur.
Ahlat Ahilik teşkilatının öncüsü olan Fityan (Fütuvvet) teşkilatının kurulduğu ve ilk eserlerini verdiği yerdir.Anadolunun Türkleşmesinde ve İslamlaşmasında gerek o zamanki Anadolu insanının manevi dünyasının gerekse fiili olarak savaşlarda gaza ile şehirlerinin fethinde büyük rol alan Alperenlerin ve Anadolu evliyalarının 74 tanesinin türbesi Ahlat’ta bulunmaktadır. 
     Ahlat’ında içinde bulunduğu Van Gölü Havzasının tarihsel kronolojisi şöyle sıralanmaktadır: 

MÖ 200.000 - 30.000 Orta Paleolitik 
MÖ 30.000 - 8.000 Üst Paleolitik 
MÖ 8.000 - 5.500 Neolitik 
MÖ 5500 - 3200 Kalkolitik 
MÖ 3200/3000-1500 Tunç Çağ 
MÖ 1700 Hurri –Mitanni 
MÖ 1000 Asur’un Sınır Beyliği 
MÖ 900-600 Urartu Hakimiyeti 
MÖ 600 Med-Pers Egemenliği 
MÖ 300 Makedonya ( Hellenistik Dönem-Seleukid) 
MÖ 200 Partlar 
MÖ 150 Bağımsızlık Dönemi 
MÖ 100 - MS 395 Roma – Sasani Bizans Mücadelesi 
MS 395 - 7.yy Bizans 
MS 641 İslam İmparatorluğu 
MS 800 Abbasi 
MS 850 Emeviler 
MS 850 Bizans 
MS 992 Mervanoğulları 
MS 1054 Büyük Selçuklu Devleti 
MS 1085 Dilmaçoğulları 
MS 1100 – 1207 Ahlatşahlar 
MS 1207 – 1229 Eyyubiler 
MS 1230 Moğollar 
MS 1232 - 1243 Anadolu Selçukluları 
MS 1243 – 1335 İlhanlılar 
MS 1340 Celayirler 
MS 1396 – 1462 Karakoyunlar 
MS 1470 – 1501 Akkoyunlar 
MS 1509 - 1533 Safaviler 
MS 1533 Osmanlılar 
MS 1923 Türkiye Cumhuriyeti